西红柿是我国普遍种植的蔬菜主栽品种之一，但是一直以来，种植户常常为购买西红柿种子犯愁，其中的一个原因就是西红柿种子的退化。
1.西红柿种苗生态适应性退化。大家都知道西红柿生长发育需要一定的生态环境。因为气候变化，造成西红柿种子在品质、抗病性等方面出现退化。其次，同样品种的连作也容易造成原来的病原小种因受到抑制而减少，而其它生理小种或其它病原菌就会增多而产生病害。
2.西红柿种子制种产生的不合格假种。在西红柿种子制种的过程中，在番茄制种过程中，如不能及时拔除亲本（尤其是父本）中的杂株或去杂不净，去雄不及时或去雄不净，以及去雄时花过在，都会产生自交果。这种假杂种混在种子种，菜农不易辨识。